科研特色
近年來承擔了近百項國家自然科學基金重點項目、863計劃項目、新藥創制國家重大專項、國家自然科學基金面上項目、973計劃子課題、傳染病國家科技重大專項子課題以及浙江省自然科學基金和重大橫向合作項目。發表SCI論文500余篇，獲得省部級科技成果獎一等獎2項、二等獎7項以及國家發明專利30余項，支撐合作企業獲得多項國家新藥證書和重點新產品。
本系有人獸共患病原微生物分子致病機制與新型疫苗、性傳播病原微生物分子致病機制與新型疫苗、細菌耐藥與膜相關分子致病機制、皰疹病毒分子致病機制和新型抗病毒藥物、微生物合成生物學、微生物制藥、微生物生物信息學與組合藥物設計、微生物生物催化與生物轉化等9個PI團隊，其中微生物合成生物學、病原微生物學等研究方向在學術領域內具有較好的影響。
教學特色
（1）本科生課程：醫學微生物學、生物化學、醫學寄生蟲學、生物芯片原理及數據分析、生命科學與技術實驗等；
（2）留學本科生課程：Medical Microbiology、Medical Parasitology；
（3）研究生課程：分子病原生物學、病原生物學專題、微生物合成生物學、微生物生物信息學、微生物制藥工程、細胞培養技術、生物技術制藥前沿。
研究生培養方向
（1）人獸共患病原微生物分子致病機制與新型基因工程疫苗研發；
（2）性傳播病原微生物分子致病機制與新型疫苗研發；
（3）細菌耐藥與膜相關分子致病機制；
（4）皰疹病毒分子致病機制與新型抗病毒藥物研發；
（5）微生物合成生物學；
（6）微生物制藥；
（7）微生物生物信息學與組合藥物設計；
（8）微生物生物催化與生物轉化；
（9）微生物天然產物化學生物學。
